La chiesa greca di Santa Maria degli Angeli fu probabilmente fondata alla fine del XIV secolo come Chiesa di rito latino.
Nel 1564 riappare nei documenti come "chiesa dei Greci" insieme a quella di San Giorgio.
La chiesa attuale fu costruita in un periodo particolarmente florido della colonia greca residente a Barletta.
Fu eretta nell'area urbana i cui toponimi ancora oggi ricordano la presenza di una comunità ellenica: la stessa chiesa sorge in una strada anticamente detta via Forno dei Greci.