L'attuale chiesa di San Gaetano, fu fondata nel '600 dall'Ordine dei Teatini, insediatosi a Barletta nei primi del '600.
I Teatini, entro il 1667, anno di conclusione ufficiale dei lavori, trasformarono in chiesa e convento il complesso edilizio, già sede di una piccola chiesa detta di San Giuseppe, nome che in un primo tempo fu ereditato.