La chiesa di San Giacomo è tra le più antiche di Barletta.
Se ne fa menzione per la prima volta in una bolla papale del 1158 di Adriano IV: tra le varie chiese dipendenti dall'Abbazia di Monte Sacro sul Gargano risulta anche una "ecclesia san Jacaobi extra portas Baruli".
Nel XIII sec. Federico II consentiva alla chiesa ed al monastero la costruzione di un mulino, una taverna e un forno ad uso dei monaci e di chiunque avesse voluto utilizzarlo, confermando il ruolo del complesso benedettino come polo catalizzatore dello sviluppo urbano.
La struttura originale comprendeva oltre alla chiesa ed al convento anche un ospedale per i pellegrini ed un cimiterium.