L'attuale S.Maria di Nazareth, ubicata sulla omonima strada, venne costruita fra il 1569 e il 1574, ad opera del vescovo spagnolo Bernardo de Figueroa. Questa chiesa prendeva il posto della chiesa di Nazareth distrutta nel 1528, dalle orde di Renzo da Ceri.
Col trascorrere degli anni, la chiesa si arricchì dell'attiguo palazzo arcivescovile, già progettato dal Figueroa, ma realizzato molti anni fra il 1726 e il 1745.